Table des matières

• Introduction
• Précisions concernant la révision des classes de risque des micro-organismes qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour:
  • l'homme immunocompétent
  • l'animal immunocompétent
• Précisions spécifiques concernant la liste révisée des des micro-organismes qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour l'homme et l'animal :
  • bactéries
  • champignons
  • parasites
  • virus
• Précisions concernant la révision des classes de risques des micro-organismes qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour la plante saine:
• Précisions spécifiques concernant la liste révisée des des micro-organismes qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour la plante saine :
  • bactéries
  • virus
  • champignons

Introduction

Le BCCM (Belgian Coordinated Collections of Micro-organisms) et les services de Mycologie et de Biosécurité et Biotechnologie (SBB) de Sciensano ont coordonné la révision de la nomenclature et de la taxonomie à la demande du SBB, étape qui fut terminée fin 2006. Cette révision avait également pour but d’établir des listes suffisamment représentatives de l’éventail de micro-organismes présents en Belgique ou pouvant être employées dans le cadre d’activités d’utilisation confinée. Des micro-organismes additionnels tels que ceux responsables de maladies émergentes ont été ajoutés aux listes,.

Ces listes révisées pour la taxonomie et la nomenclature ont alors été distribuées aux différents groupes de travail ad hoc, composés d’experts en bactériologie, virologie, parasitologie ou mycologie dans les domaines des médecines humaine et animale et de la phytopathologie ainsi que des experts du SBB. Ces groupes de travail avaient pour mission de confronter les nouvelles données scientifiques aux définitions des différentes classes de risque et ainsi de vérifier si un changement de classe de risque pour un micro-organisme donné pouvait être justifié. D’autres listes de référence (entre autres du Royaume-Uni, d’Allemagne, de Suisse, des Pays-Bas ainsi que des listes européennes) ont également été consultées.

Des réunions de travail ont été organisées afin d’assurer une interprétation uniforme des définitions et d’arriver à un consensus concernant l’attribution de classes de risque. L’attribution d’une classe de risque à un organisme tient également compte des conditions suivantes :

• Les caractéristiques inhérentes à certains organismes pathogènes peuvent correspondre à un ou plusieurs critères de deux classes de risque différentes. Dans ce cas il convient de choisir la classe de risque pour laquelle les critères les plus pertinents répondent aux caractéristiques du micro-organisme ;
• La classification des micro-organismes n’a pas tenu compte des manipulations potentielles. Celles-ci ne doivent être prises en compte qu’au moment où s’effectue l’évaluation des risques de d’utilisation confinée. Ainsi, un micro-organisme de classe de risque 3 pourrait être manipulé dans un niveau de confinement 2 ;
• La sévérité d’une maladie peut dépendre de la souche du micro-organisme pathogène pris en compte. Dans ce cas il convient de considérer la pathogénicité moyenne et/ou observée afin de déterminer la classe de risque.

Les règles d’utilisation suivantes ont été publiées dans les arrêtés régionaux pour l’utilisation et l’interprétation des listes précédentes, et restent d’application pour les listes révisées :

• Les titulaires d’un permis d’environnement et utilisateurs sont tenus de s’informer auprès de l’expert technique pour toute question relative au classement et en particulier pour celui des (micro-)organismes qui ne figureraient pas dans les listes.
• Les (micro-)organismes non répertoriés dans les listes n’appartiennent pas implicitement à la classe de risque 1.
• Dans le cas de familles ou genres comprenant de nombreuses espèces pathogènes, les listes incluent les espèces pathogènes les plus représentatives. Lorsqu’un genre ou une famille entier est mentionné dans les listes, les espèces et souches non pathogènes de ce genre ou de cette famille appartiennent implicitement à la classe de risque 1.

Précisions concernant la révision des classes de risque des micro-organismes qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour l'homme immunocompétent

Les organismes pathogènes pour l’homme sont classés dans les arrêtés régionaux concernant l’utilisation confinée d’organismes pathogènes et/ou génétiquement modifiés, mais également dans la Directive européenne concernant la protection des travailleurs contre les risques liés à l'exposition à des agents biologiques au travail (annexe III de la Directive 2000/54/CE). Il en a été tenu compte lors de la révision des listes de référence, afin que les classes de risque indiquées dans la Directive 2000/54/CE soient maintenues ou augmentées, mais certainement pas diminuées.

Certains facteurs pouvant augmenter la sensibilité de l’hôte pour un pathogène humain, tels que les pathologies pré-existantes, la prise de médicaments, l’application d’instruments médicaux (cathéter, …), une diminution passagère ou chronique de l’immunité, une grossesse ou l’allaitement, n’ont pas été pris en compte lors de la classification des risques biologiques.

Précisions concernant la révision des classes de risque des micro-organismes qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour l'animal immunocompétent

• Les caractéristiques inhérentes à l’organisme ont priorité sur l’impact économique, bien que ce dernier ait également été pris en considération, ainsi que les éventuelles mesures sanitaires qui pourraient y être associées ;
• Les critères suivants ont eu plus d’importance au moment de classer certains micro-organismes dans les classes de risque 2 ou 3 : les caractères epizootique, enzootique et exotique (dans cet ordre d’importance) ;
• Bien que certains vecteurs insectes sont potentiellement porteurs de zoopathogènes, ceux-ci ne sont pas pathogènes en soi et ne provoqueront tout au plus qu’une réaction allergique. 
• Un grand nombre de parasites peut provoquer des réactions allergiques et des désagréments chez les animaux, sans pour autant causer de maladie. Ces parasites n’ont pas été ajoutés à la liste.

La déclassification de certains zoopathogènes repose entre autres sur les critères suivants :

• Le caractère endémique (par ex. « Marek’s disease ») ;
• L’absence de vecteurs dans l’environnement en Belgique ;
• La spécificité limitée d’hôtes, qui plus est ne sont que peu présents dans l’environnement en Belgique, ce qui en limite leur impact économique (par ex. Duck enteritis virus).

Précisions spécifiques concernant la révision des classes de risques des bactéries qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour l'homme et l'animal :

La désignation générale spp. a été exclue de la liste. Les espèces connues pour être pathogènes pour l’homme et l’animal (liste non exhaustive) sont dorénavant répertoriées

Les bactéries pour lesquelles la taxonomie a été modifiée sont classées suivant le dernier nom publié dans la dernière édition de l’International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (tel que décrit dans la liste DSMZ mise à jour en avril 2008). Les anciens noms sont indiqués entre parenthèses.

Précisions spécifiques concernant la révision des classes de risques des champignons qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour l'homme et l'animal :

• Les champignons, qui se reproduisent aussi bien de manière sexuée qu’asexuée, sont repris sous les deux noms dans la liste. Le nom téléomorphe renvoie vers le nom anamorphe, et inversement.
• Les anciens noms des champignons ne sont pas repris dans la liste.
• La liste ne comprend qu’un nombre limité de champignons pathogènes pour les animaux invertébrés. Ces champignons ne sont pas pathogènes pour l’homme ni les animaux vertébrés. Il convient de préciser que le SBB dispose d’une liste (taxonomique) plus étendue qui comporte également des champignons isolés d’insectes mais non pathogènes pour l’homme ou les animaux vertébrés. 479 espèces ont été identifiées dans le genre Cordyceps, dont certains ont été décrits comme étant entomopathogènes : C. agriota, coccidiicola, cochlidiicola, heteropoda, inegoensis, kanzashiana, konnoana, kyusyuensis, longissima, paradoxa, pentatomae, prolifica, pruinosa, ramosopulvinata, scarabaeicola, sphecocephala, tricentri, etc. La plupart de ces champignons ne se sont, à ce jour, pas vus attribuer une classe de risque et ne sont pas repris dans les listes révisées. Néanmoins nous demandons aux utilisateurs de prendre contact avec l’expert technique en cas de démarrage d’une activité d’utilisation confinée avec un organisme pathogène qui ne se retrouve pas sur les listes actualisées.

Précisions spécifiques concernant la révision des classes de risques des parasites qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour l'homme et l'animal :

• Les parasites dont le nom a été révisé ne sont répertoriés que sous leur nouvelle dénomination, l'ancien nom n'est plus mentionné.
• Les genres dont toutes les espèces sont connues comme étant pathogènes pour l'homme et/ou l'animal et dont les espèces sont de même classe de risque, sont désignés par spp. (exemple: Acanthamoeba spp.). 
• Lorsqu'au sein d'un même genre, les espèces sont de classes de risque différentes, les espèces les plus représentatives sont listées (exemple: Plasmodium vivax, Plasmodium knowlesi, Plasmodium malariae, Plasmodium ovale - CR2/H, Plasmodium falciparum - CR3*/H) en tenant compte du fait que la liste des espèces peut présenter des lacunes.
• Lorsque toutes les espèces d'un genre appartiennent à une même classe de risque pour l'homme ou l'animal sauf quelques-unes, les exceptions sont listées et toutes les autres sont désignées par " spp. (other species than listed)"Exemple: Nosema connori, Nosema ocularum - CR2/H et CR2/A, Nosema spp. (other species than listed) - CR2/A

Précisions spécifiques concernant la révision des classes de risques des virus qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour l'homme et l'animal :

• La Section de Biosécurité et Biotechnologie a effectué une révision de la taxonomie des virus sur base de l’ouvrage de référence récent « Field’s Virology » (2007, Lippincott Williams & Wilkins, 5ème édition).
• Tout nouveau virus isolé chez l’homme ou l’animal qui n’est pas repris dans la liste, est à priori de classe de risque 2. Cette classe de risque peut être ramenée vers la classe de risque 1 si l’utilisateur peut fournir des données attestant de l’innocuité de cette souche virale.
• Bien que la plupart des souches vaccinales soient de classe de risque 1, il existe des exceptions qui ont été reprises dans la liste.
• La poliomyélite (causée par le poliovirus sauvage) fait l’objet d’un programme d’éradication mondial piloté par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). Lorsque des progrès supplémentaires auront été réalisés dans l’éradication de la maladie et que la vaccination de la population pourra être arrêtée, il conviendra probablement d’augmenter la classe de risque du virus vu qu’une partie de la population humaine ne sera plus immunisée contre le virus. Les mesures de confinement requises pour la manipulation du virus sauvage en laboratoire seront revues, afin d’éviter la circulation du virus dans la population. Pour de plus amples renseignements : page sur l'éradication du poliovirus.
• La variole, causée par le virus de la variole (Variola major), est la seule maladie à ce jour ayant été éradiqué à l’échelle mondiale, et pour laquelle la vaccination a donc été arrêtée. La manipulation du virus de la variole n’est à présent plus autorisée officiellement que dans deux instituts (à Atlanta aux Etats-Unis et à Koltsovo en Russie) pouvant garantir le plus haut niveau de confinement (niveau 4) et disposant d’une autorisation de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS).
• Les virus Influenza A (Orthomyxoviridae) n’ont pas été divisés en différents sous-types dans la liste – 16 sous-types H (H1-H16) et 9 sous-types N (N1-N9) sont connus. La classe de risque a donc été attribuée sur base de la pathogénicité moyenne constatée ou attendue.
• Il convient cependant d’insister sur le fait que les virus Influenza A, B et C sont capables de réassortiments génétiques. Différents événements soulignent l’importance de ces réassortiments génétiques pour la génération de nouvelles souches du virus avec acquisition de nouvelles propriétés : les pandémies de grippe de 1957 et 1968, le réassortant H1N2 apparu depuis 2001 et aujourd’hui présent dans la population humaine, ainsi que la souche H5N1 (Influenza aviaire) qui circule et peut provoquer des infections fatales chez l’homme.
• Le virus Influenza H5N1 est un « highly pathogenic avian influenza virus » (HPAI). La plupart des apparitions de HPAI dans les populations d’oiseaux sont associées au H5 et au H7. Néanmoins, des données récentes provenant de Chine (H9N2 en 1998 et 1999), des Pays-Bas (HPAI H7N7, 2003), du Canada (H7N3, 2004), ainsi que l’apparition du H5N1 dans plusieurs pays, ont démontré que certains sous-types H5, H7 et H9 ont acquis une plus grande virulence vis à vis de l’homme, bien qu’ils n’aient pas encore la capacité de se transmettre d’homme à homme.

Précisions concernant la révision des classes de risques des micro-organismes qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour la plante saine :

Les facteurs tels que la présence ou l’absence de la plante hôte en Belgique ou en Europe, l’importance (économique) de sa culture, la présence ou l’absence du phytopathogène en Belgique ou en Europe ainsi que son mode de transmission ont été pris en compte lors de la révision  de la classification.

Il est à noter que les organismes nuisibles aux végétaux et aux produits végétaux, dits organismes de quarantaine, répertoriés dans l’Arrêté royal du 10 août 2005 relatif à la lutte contre les organismes nuisibles aux végétaux et aux produits végétaux (MB 31.08.2005) n’ont pas fait l’objet d’une révision et ont été exclus de la présente liste.

Précisions spécifiques concernant la liste révisée des bactéries qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour la plante saine :

La section de Biosécurité et Biotechnologie a effectué la révision de la taxonomie des bactéries sur base de la liste publiée dans la dernière édition de l’International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (telle que décrite dans la liste DSMZ mise à jour en avril 2008). Les anciens noms sont indiqués entre parenthèse.

Précisions spécifiques concernant la liste révisée des virus qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour la plante saine:

La liste des virus a été largement complétée, et ce d’après la banque de donnée VIDE de l’International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Tous les virus répertoriés dans cette base de données ont été ajoutés et classés dans la classe de risque 2 minimum. Le risque biologique associé à chaque virus a ensuite été analysé afin de confirmer ou augmenter la classe de risque qui leur a été initialement attribuée. 

Précisions spécifiques concernant la liste révisée des champignons qui, à l'état naturel, présentent un risque biologique pour la plante saine :

Un certain nombre de champignons phytopathogènes ont été déclassés en classe de risque biologique 2. L’absence de la plante hôte en Belgique ou, si celle-ci est présente, le fait que sa culture soit limitée, correspond aux principaux critères justifiant la déclassification de ces organismes phytopathogènes.