Les tâches officielles du SBB sont définies dans l'Accord de Coopération en matière de biosécurité du 25 avril 1997.
Depuis la période 1993-1996, les trois Régions ont établi des conventions avec Sciensano qui chargent notamment le SBB d'effectuer une mission d'expertise de nature à éclairer les autorités régionales dans la mise en oeuvre des deux directives OGM (actuellement les directives 2009/41/CE et 2001/18/CE), en particulier sur le plan de la conformité des notifications aux annexes techniques de la directive.
Conformément à ces conventions, le SBB avise les autorités régionales en relation avec l'utilisation confinée d'OGM et/ou d'organismes pathogènes (en laboratoires, serres, animaleries, unités de production à grande échelle et chambres hospitalières).
Le SBB est également en charge du secrétariat du Conseil Consultatif belge de Biosécurité. Il fournit au Conseil un support administratif et scientifique permanent dans les cadre des activités de celui-ci en lien avec l’évaluation des dossiers concernant la dissémination environnementale d'OGM pour des essais en champs, les essais cliniques impliquant l'utilisation d'OGM, ainsi que l’utilisation commerciale d'OGM à des fins agro-alimentaires ou médicales.
Le SBB assure l’archivage des dossiers de biosécurité, ainsi que la conservation et la protection des données confidentielles, en respectant des normes de qualité strictes.
Le SBB veille enfin au respect des obligations en matière d’échange et de transmission des informations et des rapports imposés par les réglementations européennes.
De manière générale, le SBB constitue une source permanente, réactive et fiable de soutien scientifique aux autorités compétentes fédérales et régionales pour toutes les matières relevant de la biosécurité.