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Lignes directrices de sécurité biologique pour le diagnostic et la recherche concernant le nouveau coronavirus (SARS-CoV-2)

Dernière mise à jour de cette page: 05/06/2020: voir texte en jaune.

Notes:

  • Ce document vise à fournir des recommandations pour l’évaluation et la gestion des risques des activités de diagnostic et de recherche impliquant la manipulation d’échantillons cliniques ou de cultures du virus SARS-CoV-2. Ce document est voué à être modifié régulièrement au fur et à mesure de l’évolution des connaissances sur ce virus (virulence, transmission, réplication, …).
  • La manipulation inappropriée de ce matériel infectieux pose un risque pour la santé du personnel et celle de la communauté.
  • Sciensano a développé une fiche d’information (en anglais), basée sur une revue de la littérature, rassemblant les connaissances actuelles sur le COVID-19, et qui est régulièrement mise à jour.

Contenu

 

Évaluation des risques et classe de risque du SARS-CoV-2

Le nouveau virus responsable de la pandémie de COVID-19 qui s’est déclarée fin 2019 à Wuhan (province de Hubei en Chine) appartient à la famille des Coronaviridae. Les coronavirus sont des virus enveloppés dont le génome est composé d’un ARN simple brin à polarité positive. Certains coronavirus peuvent infecter l’humain et/ou les animaux. Sept souches de Coronavirus connues causent des maladies chez l’homme. Les virus du genre Betacoronavirus tels que le SARS-CoV et le MERS-CoV, tout comme SARS-CoV-2, sont responsables de zoonoses qui, chez l’homme, provoquent des maladies pouvant être graves voire mortelles. Ils sont tous soupçonnés de provenir de la chauve-souris et d’avoir franchi la barrière d’espèce, au travers d’hôtes intermédiaires, pour infecter l’homme (Andersen et al., 2020).

Les symptômes courants observés chez les patients infectés au SARS-CoV-2 comprennent la fièvre, la toux et la dyspnée. Des symptômes gastro-intestinaux, des dysfonctionnements chimiosensoriels, tel que l'anosmie et la dysgueusie sont également souvent rapportés. L'infection peut causer une maladie bénigne, légère ou sévère avec un syndrome respiratoire aigu pouvant conduire au décès du patient. Les personnes âgées et les personnes souffrant de maladies chroniques préexistantes semblent plus vulnérables. Le virus a été détecté chez des personnes exposées qui n’ont ensuite pas développé de symptômes (sources: CDC, WHO, Rothe et al., 2020).

À ce jour, il n’est pas encore possible de déterminer précisément la gravité de la maladie provoquée chez l'homme sain par le SARS-CoV-2. Il a été démontré que le SARS-CoV-2 présente une homologie de séquence du génome d’un peu moins de 80% avec celui du SARS-CoV (source: Zhou et al., 2020). Il utiliserait d’ailleurs le même récepteur présent à la surface des cellules qu’ils infectent (source: Callaway, 2020).

Pour les coronavirus humains en général, les cellules épithéliales du tractus respiratoire et gastro-intestinal sont les principales cellules cibles. En raison de ces caractéristiques, l'excrétion virale se fait via ces systèmes. La transmission du SARS-CoV-2 de personne à personne se produit certainement par un contact étroit, exposant les muqueuses à des gouttelettes et à des aérosols infectieux produits par une personne infectée. La transmission fécale-orale du SARS-CoV-2 (source: Callaway, 2020) et par un contact indirect avec des surfaces ou objets contaminés ("fomites") sont aussi des voies de transmission du virus. Au jour d’aujourd’hui, il n’est pas établi que le virus soit aérogène.

En absence d’informations précises sur les propriétés du SARS-CoV-2, une approche de précaution similaire à celle adoptée pour le SARS-CoV (source: WHO) semble indiquée. Au laboratoire, les modes de transmission du SARS-CoV sont l’exposition des muqueuses (buccale, nasale, oculaire), l’inhalation et l’ingestion, que ce soit de gouttelettes, d'aérosols ou par l’intermédiaire de fomites.

La dose infectieuse est inconnue. Il n'y a actuellement que peu de données disponibles sur la stabilité du SARS-CoV-2 sur les surfaces et dans l’environnement. En règle générale, la stabilité d’un virus dans l'environnement dépend de plusieurs facteurs, comme la température ambiante, l'hygrométrie de l'air, le type de surface, la charge organique etc. Des études en laboratoire suggèrent que la persistance du SARS-CoV-2 pourrait être similaire à celle du SARS-CoV de 2003 (sources: Van Doremalen et al., 2020; WHO; Kampf et al., 2020). Si ces résultats préliminaires se confirment, le SARS-CoV-2 pourrait persister jusqu'à 72 heures sur des surfaces comme le verre et le plastique, et moins longtemps sur l'acier, le plâtre, le papier et carton, le coton, le bois et le cuivre (respectivement 48 h, 24 h, 24 h, 12 h et 4 h) (sources: Van Doremalen et al., 2020; WHO; Kampf et al., 2020). Une étude démontre la survie du SARS-CoV-2 durant au moins 3 h dans des aérosols en milieu fermé (sources: Van Doremalen et al., 2020). Bien qu'il n'y ait encore que peu de données sur l'efficacité des désinfectants sur le SARS-CoV-2, le consensus est que ce virus soit sensible aux désinfectants standards utilisés en laboratoire contre d’autres virus enveloppés (sources: Kampf et al., 2020; WHO), comme par exemple:

  • l’eau de Javel avec au moins 0.1% de NaOCl, ce qui correspond à une dilution d’eau de Javel commerciale de 1:50 à 1:25 en fonction de la teneur en NaOCl initiale. Un temps de contact de 5 minutes avec les surfaces est nécessaire ;
  • l’éthanol à 70% avec un temps de contact d’au moins 10 minutes.

Les désinfectants à base de chlorhexidine ne seraient pas efficaces pour l’inactivation du virus (source: TCM).

Actuellement, il n’existe pas de traitement spécifique ni de vaccins contre le SARS-CoV-2. Néanmoins, des candidats vaccins ainsi que des molécules thérapeutiques sont en cours de développement ou de test dans plusieurs instituts de recherche et firmes pharmaceutiques dans le monde.

À la suite d’un avis d’experts des états membres de l’Union Européenne et dans l’état actuel des connaissances sur le SARS-CoV-2, le virus a été inclus dans la classe de risque 3 de la liste des agents biologiques de la directive 2000/54/CE (protection des travailleurs contre les risques liés à l'exposition à des agents biologiques au travail ; source : EC).

Pour de plus amples informations sur le SARS-CoV-2 et l’évolution de l’épidémie au jour le jour, se référer aux sites suivants :

 

Diagnostic sur des échantillons potentiellement contaminés par le SARS-CoV-2

Les tests de détection du virus utilisés actuellement se font directement sur l’échantillon clinique du patient et ne nécessitent pas la multiplication du virus. Pour éviter l’exposition du travailleur et de la population au virus, des mesures de protection à mettre en place dans les laboratoires de diagnostic sont recommandées ci-dessous, en tenant compte de l’évaluation des risques du virus en l’état actuel des connaissances.

La manipulation d’échantillons provenant de patients possibles ou confirmés (voir la définition du Risk Management Group) d’être infectés par le SARS-CoV-2 est une activité tombant dans le champ d'application du Code du bien-être au travail - agents biologiques. La législation relative à l'utilisation confinée d'organismes génétiquement modifiés et/ou pathogènes s'applique également dans les cas suivants :

  • lorsqu’il y a une multiplication et/ou une concentration délibérées du virus SARS-CoV-2;
  • lorsqu’il y a manipulation et/ou stockage de cultures de virus,

et

 

Recommandations pour les laboratoires qui manipulent SARS-CoV-2 (échantillons cliniques et cultures)

Toutes les manipulations en phase ouverte d’échantillons cliniques de cas suspects ou confirmés en vue d’effectuer les tests biochimiques ou de neutralisation (PCR, ELISA, sérologie) pour la détection de SARS-CoV-2 et n’impliquant aucune réplication volontaire du virus, doivent se dérouler dans un laboratoire de niveau de confinement 2 avec des mesures supplémentaires (Code du bien-être au travail).

Toutes les manipulations en phase ouverte d’échantillons cliniques de cas suspects ou confirmés en vue de détecter la présence d'autres agents pathogènes respiratoires (par exemple, le virus de la grippe) ou pour des analyses de sang (biochimie) dans le cadre des soins de santé aux patients doivent se dérouler également dans un laboratoire de niveau de confinement 2 avec des mesures supplémentaires (Code du bien-être au travail).

Les mesures générales et les exigences de confinement nécessaires à ces activités en vue de limiter le risque d’exposition au virus du personnel, de la population et de l’environnement, sont respectivement décrites dans le Code du bien-être au travail - agents biologiques et dans la législation régionale sur l'utilisation confinée des organismes génétiquement modifiés et/ou pathogènes (voir aussi annexe 1).

Mesures supplémentaires

Les pratiques de travail supplémentaires à mettre en place, en plus de celles correspondant au confinement de niveau 2, sont :

  • l’accès au laboratoire doit être restreint au personnel formé et autorisé ;
  • il faut limiter la présence de personnel non concerné lors de la manipulation d’échantillons potentiellement contaminés ;
  • des gants de protection contre les virus doivent être portés par le personnel tout au long de la préparation de l’échantillon au test de détection. Ces gants doivent répondre aux normes EN 374-5, EN 420 et ISO 16604 ;
  • l’équipement ainsi que les vêtements de protection utilisés doivent être spécifiques au laboratoire ;
  • le personnel pouvant être exposé aux aérosols et projections doit porter une protection faciale (lunettes de protection) et respiratoire (masque de type FFP2). Cette mesure ne s’applique que si les manipulations des échantillons ne peuvent pas se dérouler sous une enceinte de sécurité microbiologique (EN12469);
  • une attention particulière doit être portée à la décontamination des surfaces de travail et des mains après manipulations ;
  • il est préférable d’utiliser du matériel jetable plutôt que réutilisable. Si du matériel réutilisable est utilisé, il doit être décontaminé avant d’être lavé ;
  • un "spill kit" (annexe 2) (avec des procédures connues du personnel) est requis à l'extérieur près de l'entrée du laboratoire de diagnostic dans lequel des échantillons potentiellement contaminés par le virus sont analysés, ainsi que dans le local où les échantillons sont réceptionnés, stockés ou réemballés pour tout type de transport ;

Pour limiter l’exposition aux aérosols infectieux :

  • l’utilisation d’une enceinte de sécurité microbiologique (conforme à la norme EN12469) est requise pour toutes les manipulations des échantillons potentiellement infectieux susceptibles de générer des aérosols. Par mesure de précaution, il est recommandé d’ouvrir les colis contenant les échantillons sous l’ESM ;
  • l’utilisation d’une centrifugeuse à godets de sécurité ("safety cups") est nécessaire. Les godets ne doivent être ouverts que sous l’ESM ;
  • si un système de génération de vide est utilisé, il doit être équipé d’un filtre HEPA.

Lorsqu’un équipement de laboratoire est utilisé, il faut s’assurer qu'il ne génère pas d'aérosols ou il faut prévoir un temps d'attente avant de l'ouvrir (30 minutes pour que les aérosols disparaissent/se déposent).

Pour limiter le contact direct ou indirect avec le virus :

  • un évier à commande non-manuelle doit être présent dans le laboratoire pour la décontamination des mains;
  • tout matériel et contenant quittant l’ESM doit être décontaminé de manière adéquate (par exemple, les surfaces externes des tubes contenant l’échantillon).


Toutes les manipulations du virus SARS-CoV-2 à partir d’échantillons cliniques confirmés et de cultures de virus dans le cadre de la recherche et développement in vivo et in vitro, nécessitent l’utilisation d’un laboratoire de niveau de confinement 3 (voir Code du bien-être au travail, législation régionale sur l'utilisation confinée des organismes génétiquement modifiés et/ou pathogènes, Application de la législation dans le cas des micro-organismes pathogènes, annexe 1) au vue des incertitudes actuelles sur les caractéristiques du virus.

 

Références

 

Annexe 1: Liens utiles vers le site Belgian Biosafety Sever

Les critères de confinement L2, L3 et A3 peuvent être consultés sur ce site.

Dans le cadre d’une activité de recherche et développement, le stockage de matériel biologique (échantillons, cultures) contenant SARS-CoV-2 peut se faire dans un local hors du confinement s’il répond aux exigences décrites dans ce document.

Le transport national et le transport international de substances infectieuses (incluant les échantillons potentiellement contaminés par SARS-CoV-2, les cultures de virus, les déchets contaminés) doivent respecter les règles en vigueur en matière d’emballage et d’étiquetage.

Notification d’un incident biologique ou d’une infection acquise en laboratoire: contained.use@sciensano.be ; +32 2 642 52 93; ou via ce formulaire en ligne. 

 

Annexe 2: Contenu du spill-kit

  1. Un désinfectant efficace contre le SARS-CoV-2 (ce virus est sensible aux désinfectants standards utilisés en laboratoire comme l’eau de javel à 1% (5 min), l’éthanol à 70% (10 min)). Attention, les solutions de javel ne sont pas stables; en cas d'emploi dans un spill-kit il faut alors mettre la javel concentrée à disposition, qui devra être diluée selon les besoins.
  2. Des équipements de protection personnelles: un tablier jetable, des sur-chaussures, des gants (EN374-5, EN420 et ISO 16604), des lunettes de protection et un masque de type FFP2 minimum (EN149);
  3. Du matériel absorbant en quantité suffisante, afin d'absorber le volume maximal estimé;
  4. Des sacs poubelle "biohazard" pour tout le matériel biologiquement contaminé;
  5. Un mode d'emploi du spill-kit.

Le spill-kit se trouve de préférence en dehors du laboratoire, près de l'entrée. En cas d'incident avec formation d'aérosols, comme un renversement accidentel, tous les occupants doivent au plus vite quitter la pièce, surtout si des masques de type FFP2 ou plus ne sont pas requis pour l'activité habituelle du laboratoire. La pièce doit rester fermée durant au moins 30 minutes afin de permettre aux aérosols de se déposer, avant de pouvoir rentrer avec les équipements de protection adéquats pour nettoyer et libérer la pièce selon la procédure en vigueur.