L'utilisation confinée d'organismes génétiquement modifiés et/ou de pathogènes ne peut avoir lieu que dans des installations qui sont titulaires d'un permis d’environnement valide de classe 1 incluant la rubrique 51 (rubrique 51.1.2 ou plus haut pour les OGM et 51.2.1 ou plus haut pour les organismes pathogènes), à l'exception des utilisations confinées de niveau de risque 1 où un permis d’environnement valide de classe 3 incluant la rubrique 51.1.1 est suffisant. Les anciens permis d'environnement étaient généralement délivrés pour une période de 20 ans, tandis que les permis d’environnement récents peuvent être délivrés pour une durée indéterminée.

En plus du permis d'environnement, l'utilisation confinée en tant que telle requiert une simple notification ou une autorisation écrite selon son niveau de risque. Les autorisations sont valables jusqu'à la fin du permis d'environnement ou pour une durée indéterminée (dans le cas d'un permis d’environnement plus récent), sauf s’il s’agit d’une activité en recherche et développement (5 ans), alors que les demandes d'autorisation de première utilisation et d’utilisation subséquente de niveau de risque 3 sont valables de 5 à 10 ans en fonction de la nature évolutive de l'activité.

Le permis d'environnement et l'autorisation d'utilisation(s) confinée(s) sont délivrés par deux autorités différentes. Les autorisations sont délivrées par le Departement Omgeving.

En Région flamande, il existe deux procédures distinctes, une pour les premières utilisations et une pour les utilisations subséquentes.

Première utilisation

Une "première utilisation" est une utilisation confinée notifiée pour la première fois dans le cadre de la législation régionale concernant l'utilisation confinée d'OGM et/ou de pathogènes (pour plus de détails, voir l'arrêté du 6 février 2004 susmentionné).

Dans le cas d'une utilisation confinée de niveau de risque 1 (exclusivement des OGM):

• aucune autorisation n’est requise. Une notification de la rubrique 51.1.1 en vertu du permis d’environnement existant de classe 3 à la commune est suffisante (par une procédure simplifiée).
• un dossier de biosécurité complet (dossiers public et technique) est envoyé au SBB. Simultanément, seul le dossier public est envoyé à la commune.
• le SBB remet un avis à l'autorité compétente (Departement Omgeving) dans les 30 jours qui suivent la réception du dossier. Si des informations complémentaires sont demandées par le SBB ou par l'autorité compétente, la procédure est arrêtée jusqu'à la remise des informations demandées.
• l'utilisation confinée peut démarrer le jour suivant la soumission du dossier de biosécurité à condition que les mesures de confinement proposées soient appliquées.

Dans le cas d'une utilisation confinée de niveau de risque 2 :

• une autorisation et un permis d'environnement de classe 1 (pour la rubrique 51.1.2 pour les OGM et/ou 51.2.1 pour les organismes pathogènes) sont requis.
• un dossier de biosécurité complet (dossiers public et technique) est envoyé au SBB. Simultanément, seul le dossier public est envoyé à l'autorité compétente (Departement Omgeving).
• le SBB remet un avis à l'autorité compétente (Departement Omgeving) dans les 30 jours qui suivent la réception du dossier de biosécurité. L'autorité compétente arrête sa décision dans les 45 jours qui suivent la réception du dossier public qui leur est adressé. Si des informations complémentaires doivent être demandées par le SBB ou par l'autorité compétente, la procédure est arrêtée jusqu'à la remise des informations demandées.
• l'utilisation confinée ne peut démarrer qu'au moment où l'autorisation écrite est délivrée et le permis d'environnement obtenu pour la rubrique 51.
• l'autorisation est généralement délivrée pour une période déterminée, jusqu’à l’expiration du permis d'environnement, ou pour une durée indéterminée.  

Dans le cas d'une utilisation confinée de niveau de risque 3 ou 4 :

• une autorisation et un permis d'environnement de classe 1 (pour la rubrique 51.1.3 ou plus haut pour les OGM et/ou 51.2.2 ou plus haut pour organismes pathogènes) sont requis.
• un dossier de biosécurité complet (dossiers public et technique) est envoyé au SBB. Simultanément, seul le dossier public est envoyé à l'autorité compétente (Departement Omgeving).
• le SBB remet un avis à l'autorité compétente (Departement Omgeving) dans les 60 jours qui suivent la réception du dossier de biosécurité. L'autorité compétente arrête sa décision dans les 90 jours qui suivent la réception du dossier public qui leur est adressé. Si des informations complémentaires doivent être demandées par le SBB ou par l'autorité compétente, la procédure est arrêtée jusqu'à la remise des informations demandées.
• l'utilisation confinée ne peut démarrer qu'au moment où l'autorisation écrite est délivrée et le permis d'environnement obtenu pour la rubrique 51.
• l'autorisation est généralement délivrée pour une période déterminée, jusqu’à l’expiration du permis d'environnement, ou pour une durée indéterminée.  

Utilisation subséquente

Une "utilisation subséquente" concerne toute nouvelle utilisation confinée, ou toute modification, renouvellement ou continuation d'utilisation confinée pour laquelle une notification/demande d’autorisation sous la même rubrique 51 et le même niveau de risque (ou supérieur) a déjà été traité dans le cadre de la procédure "première utilisation".

Dans le cas d'une utilisation confinée de niveau de risque 1 (exclusivement des OGM):

• une analyse des risques sous forme de dossier technique est envoyée au SBB.
• le SBB confirme à l'autorité compétente (Departement Omgeving) que l'utilisation confinée notifiée est bien de niveau de risque 1, ou informe l'autorité compétente de problèmes éventuels liés au niveau de risque attribué à cette utilisation confinée subséquente.
• l'utilisation confinée subséquente peut démarrer le jour suivant l'envoi de l’analyse des risques.

Dans le cas d'une utilisation confinée de niveau de risque 2 :

• aucune autorisation n'est nécessaire sauf s'il s'agit d'une continuation ou d'un renouvellement d'activité ou d'une nouvelle activité. Cependant, l'utilisateur peut demander une autorisation écrite, même si cela concerne une modification d'une activité déjà autorisée.
• un dossier de biosécurité complet (dossiers public et technique) est envoyé au SBB. Simultanément, seul le dossier public est envoyé à l'autorité compétente (Departement Omgeving).
• le SBB remet un avis à l'autorité compétente (Departement Omgeving) dans les 30 jours qui suivent la réception du dossier de biosécurité. Dans le cas d'une demande d'autorisation écrite, l'autorité compétente délivre l'autorisation dans les 45 jours qui suivent la réception du dossier public. Si des informations complémentaires doivent être demandées par le SBB ou par l'autorité compétente, la procédure est arrêtée jusqu'à la remise des informations demandées.
• l'utilisation confinée peut démarrer le jour qui suit l'introduction du dossier de biosécurité à la condition que les mesures de confinement proposées soient appliquées.
• si une autorisation est délivrée, elle sera valable pendant une période déterminée. Dans le cas d'une notification, la période de validité de l'activité précédemment autorisée sera reprise.

Dans le cas d'une utilisation confinée de niveau de risque 3 ou 4 :

• une autorisation est toujours requise.
• un dossier de biosécurité complet (dossiers public et technique) est envoyé au SBB. Simultanément, seul le dossier public est envoyé à l'autorité compétente (Departement Omgeving).
• le SBB remet un avis à l'autorité compétente (Departement Omgeving) dans les 30 jours qui suivent la réception du dossier de biosécurité. L'autorité compétente arrête sa décision dans les 45 jours qui suivent la réception du dossier public. Si des informations complémentaires doivent être demandées par le SBB ou par l'autorité compétente, la procédure est arrêtée jusqu'à la remise des informations demandées.
• l'utilisation confinée ne peut démarrer qu'au moment où l'autorisation écrite est délivrée.
• si une autorisation est délivrée, elle sera valable pendant une période déterminée, jusqu’à l’expiration du permis d'environnement, ou pour une durée indéterminée.